Jonavoje buvo didžiausia Kauno apskrities žydų bendruomenė. Žydai čia apsigyveno nuo pat miesto įkūrimo (1775 m.). Tarpukario laikotarpiu jie sudarė miesto gyventojų daugumą. 1932 m. Jonavoje gyveno 2710 žydų (65 proc. miesto gyventojų), o karo išvakarėse – apie 3 tūkst. (iš viso Jonavoje tuo metu buvo apie 5 tūkst. gyventojų). Žydai gyveno intensyvų ūkinį, visuomeninį ir kultūrinį gyvenimą. Dauguma miesto žydų dirbo pramonės įstaigose, amatininkų dirbtuvėse bei vertėsi prekyba. Jonavoje jie turėjo 7 sinagogas, religines ir pasaulietines mokyklas, bibliotekas, politines, kultūrines ir sporto organizacijas. Žydų liaudies bankas Jonavoje 1929 m. turėjo 560 narių.
Prasidėjus karui daug Kauno ir Jonavos žydų bandė pasitraukti. Besitraukiančius žydus ir sovietinius aktyvistus bombarduodavo bei apšaudydavo vokiečių lėktuvai ir lietuvių partizanai. Dalis bėglių žuvo arba buvo sužeisti, kiti pasislėpė aplinkiniuose kaimuose arba sugrįžo į namus, kai kuriems pavyko pabėgti į Rusiją.
Jau 1941 m. birželio 24 d. Jonavos apylinkėse pradėjo veikti lietuvių partizanai. Jie blokavo išvažiavimo kelius iš Jonavos ir priversdavo besitraukiančius žydus grįžti į Jonavą. Tą pačią dieną lietuvių partizanai apšaudė iš Kauno į rytus važiuojantį sovietų karinį traukinį.
Vokiečių kariuomenė Jonavą užėmė birželio 25 d. Dėl Jonavos vyko smarkus vokiečių ir sovietų dalinių mūšis, kurio metu žuvo ir civilių Jonavos gyventojų, buvo sugriauta bei sudeginta daug miesto namų. Kai kurie Jonavos žydai bandė pasislėpti Kaune. Ten jie buvo suimti ir 1941 m. liepos pradžioje sušaudyti VII forte.
Pirmomis karo dienomis Jonavoje susiorganizavo lietuvių partizanų būrys. Į būrį įstojo apie 50–60 vyrų. Būriui vadovavo atsargos karininkas Vladas Kulvicas. Vėliau partizanų būrys buvo pavadintas savisaugos būriu. Šis būrys buvo pavaldus vermachto vietos komendantūrai, be to, privalėjo vykdyti vokiečių saugumo policijos (gestapo) nurodymus. Pirmomis okupacijos dienomis savisaugos būrys represinių užduočių nevykdė. Būrio nariai tvarkė sugriautą miestą, rinko ir užkasinėjo žuvusių vokiečių ir rusų karių bei civilių gyventojų lavonus. Be to, mūšių vietose būrio nariai rinko paliktus ginklus ir juos gabeno į savivaldybės pastate įsikūrusį partizanų (savisaugos) būrio štabą. Būrys taip pat saugojo tiltą per Nerį, geležinkelį ir kitus svarbius karinės reikšmės objektus. Praėjus kelioms savaitėms būrys buvo visiškai apginkluotas ir aprengtas iš Kauno atvežtais Lietuvos kariuomenės drabužiais. Būrio veiklos funkcijos buvo išplėstos. Į jo veiklą vis dažniau pradėjo kištis saugumo policijos valdininkai Simas Dolgačius ir Jokūbas Alekna. Būrį imta naudoti sovietinių aktyvistų ir žydų persekiojimui bei naikinimui.
1941 m. rugpjūčio 7 d. Kauno apskrities viršininkas parašė nurodymus visiems apskrities valsčių viršaičiams ir policijos nuovadų viršininkams dėl žydų apgyvendinimo getuose iki 1941 m. rugpjūčio 15 d.
Rugpjūčio pradžioje visi žydų tautybės vyrai savisaugos būrio kareivių buvo suvaryti į netoli Neries esančias kareivines. Čia ir turėjo būti įsteigtas žydų getas. Maždaug tuo pat metu suimti žydai už Jonavos (apie 1,5 km į šiaurės rytus) esančiame Girelkos (Giraitės) miškelyje iškasė keletą didelių duobių. Kareivinėse jie buvo saugomi kelias dienas. 1941 m. rugpjūčio 14 d. savisaugos būrys žydus surikiavo į koloną ir vedė į Giraitės miškelį. Suimtiesiems buvo pasakyta, jog jie vedami darbams. Į žudynių vietą iš Kauno atvyko ir keletas vokiečių gestapininkų bei kareivių būrys. Miškelyje grupė žydų, supratusių, kas jų laukia, bandė pabėgti. Dauguma bėgusiųjų buvo nušauti, tačiau 6 vyrams pavyko pabėgti. Vėliau 5 bėgliai buvo suimti ir sušaudyti; nacių okupacijos pabaigos sulaukė tik vienas bėglys – Nachumas Bliumbergas. Žydai buvo suvaryti į griovius ir vokiečių bei lietuvių savisaugininkų sušaudyti. Pagal K. Jägerio raportą, 1941 m. rugpjūčio 14 d. Jonavoje sušaudyti 552 žydai (497 vyrai ir 55 moterys). Tarp sušaudytųjų buvo daug partinių ir sovietinių aktyvistų.1941 m. rugpjūčio pabaigoje vietoj mėgstančio išgerti V. Kulvico Jonavos savisaugos būrio vadu buvo paskirtas j. ltn. Jonas Jurevičius. Po pirmojo masinio Jonavos žydų šaudymo likusios žydų šeimos dar porą savaičių gyveno savo butuose. Paskui savisaugos būrio kareiviai juos suvarė į kareivines („getą“). Didelę dalį daiktų žydai paliko savo butuose, dėl to prasidėjo masinis jų plėšimas. Kareivines nuolat saugojo apie 12 savisaugos būrio vyrų. Kareivinėse žydai buvo laikomi keletą dienų iki sušaudymo. Prieš sušaudymą žydams buvo paskirta kontribucija. Rugpjūčio 23–24 d. Jonavos žydai sumokėjo 120 tūkst. rb kontribuciją. Prieš pat sušaudymą Jonavos valsčiuje buvo 1257 žydai.
Antrosios masinės Jonavos žydų žudynės įvyko rugpjūčio ir rugsėjo mėn. sandūroje (tarp rugpjūčio 31 ir rugsėjo 2 d.). Žudynių dieną Jonavos saugumo policijos viršininko nurodymu j. ltn. J. Jurevičius paskyrė 16 savo būrio vyrų egzekucijai vykdyti. Žydai į žudynių vietą Giraitės miškelyje buvo varomi grupėmis. Prieš konvojavimą savisaugos būrio kareiviams davė išgerti degtinės. Žudynių vietoje buvo ir Jonavos saugumo policijos viršininkas bei savisaugos būrio vadas j. ltn. J. Jurevičius. Sušaudžius pirmąją pasmerktųjų grupę, į Giraitę iš Kauno atvyko TDA bataliono leitenantai B. Norkus ir Vladas Malinauskas. Jie kartu su gestapo viršininku toliau vadovavo žudynėms. J. Jurevičius sugrįžo į Jonavą ir vėliau žudynėse nedalyvavo. Šaudė ne tik Jonavos būrio nariai, bet ir civiliškai apsirengę kitų vietovių „partizanai“ bei keli vokiečiai. Iš pradžių buvo sušaudyti vyrai, paskui moterys su vaikais. Prieš sušaudymą aukos buvo išrengiamos iki apatinių drabužių. Sušaudžius vieną grupę, lavonai buvo užberiami smėliu ir kalkėmis, tada į griovį buvo atvedama kita grupė ir sušaudoma. Kraupių žudynių vaizdų negalėjo ištverti netgi kai kurie budeliai. Už „silpnadvasiškumą“ šaudymo metu Jonavos būrio narys L. Gineitis buvo uždarytas į vokiečių komendantūros daboklę.
Antrojo šaudymo metu Jonavoje buvo nužudyti 1556 žydai: 112 vyrų, 1200 moterų ir 244 vaikai. Jonavos gete liko tik apie 200 moterų ir vaikų.
Jonavos gyventojai buvo labai nepatenkinti žydų šaudymu. Apie tai tuometinis Jonavos valsčiaus policijos vadas Juozas Stankevičius informavo savo vadovybę Kaune. Tuomet Kauno miesto policijos vadas Kęstutis Renigeris pakvietė J. Stankevičių atvykti į Kauną. Šiam atvažiavus jie abu nuvyko pas vokiečių karo komendantą. Pastarasis paskambino į gestapą ir pasakė, kad likusieji Jonavos žydai bus išvežti į Kauno getą. Sugrįžęs į Jonavą J. Stankevičius sutarė su valsčiaus viršaičiu, kad paskirs vežikus žydams nugabenti į Kauną. 1941 m. spalio 4 d. Jonavos žydai buvo išvežti į Kauno getą. Už pagalbą žydams 1941 m. lapkričio mėn. vokiečiai J. Stankevičių suėmė ir iškėlė jam baudžiamąją bylą. Jis buvo nuteistas kalėti 2 metus. Iki 1942 m. rudens J. Stankevičius buvo kalinamas Kauno kalėjime. Žydus išgabenus į Kauno getą didelė Jonavos žydų bendruomenė nustojo egzistuoti.
Jonavos savisaugos būrys 1943 m. buvo prijungtas prie lietuvių 257-ojo policijos bataliono.
Nacių okupacijos pabaigoje (1944 m. vasarą) vokiečiai Giraitės miškelyje naikino savo nusikaltimų pėdsakus. Apie dvi savaites žudynių vietoje buvo atkasami ir deginami žydų lavonai. Deginimo vieta buvo apsupta kareivių, pašaliniams asmenims griežtai draudžiama prisiartinti.
Prasidėjus karui daug Kauno ir Jonavos žydų bandė pasitraukti. Besitraukiančius žydus ir sovietinius aktyvistus bombarduodavo bei apšaudydavo vokiečių lėktuvai ir lietuvių partizanai. Dalis bėglių žuvo arba buvo sužeisti, kiti pasislėpė aplinkiniuose kaimuose arba sugrįžo į namus, kai kuriems pavyko pabėgti į Rusiją.
Jau 1941 m. birželio 24 d. Jonavos apylinkėse pradėjo veikti lietuvių partizanai. Jie blokavo išvažiavimo kelius iš Jonavos ir priversdavo besitraukiančius žydus grįžti į Jonavą. Tą pačią dieną lietuvių partizanai apšaudė iš Kauno į rytus važiuojantį sovietų karinį traukinį.
Vokiečių kariuomenė Jonavą užėmė birželio 25 d. Dėl Jonavos vyko smarkus vokiečių ir sovietų dalinių mūšis, kurio metu žuvo ir civilių Jonavos gyventojų, buvo sugriauta bei sudeginta daug miesto namų. Kai kurie Jonavos žydai bandė pasislėpti Kaune. Ten jie buvo suimti ir 1941 m. liepos pradžioje sušaudyti VII forte.
Pirmomis karo dienomis Jonavoje susiorganizavo lietuvių partizanų būrys. Į būrį įstojo apie 50–60 vyrų. Būriui vadovavo atsargos karininkas Vladas Kulvicas. Vėliau partizanų būrys buvo pavadintas savisaugos būriu. Šis būrys buvo pavaldus vermachto vietos komendantūrai, be to, privalėjo vykdyti vokiečių saugumo policijos (gestapo) nurodymus. Pirmomis okupacijos dienomis savisaugos būrys represinių užduočių nevykdė. Būrio nariai tvarkė sugriautą miestą, rinko ir užkasinėjo žuvusių vokiečių ir rusų karių bei civilių gyventojų lavonus. Be to, mūšių vietose būrio nariai rinko paliktus ginklus ir juos gabeno į savivaldybės pastate įsikūrusį partizanų (savisaugos) būrio štabą. Būrys taip pat saugojo tiltą per Nerį, geležinkelį ir kitus svarbius karinės reikšmės objektus. Praėjus kelioms savaitėms būrys buvo visiškai apginkluotas ir aprengtas iš Kauno atvežtais Lietuvos kariuomenės drabužiais. Būrio veiklos funkcijos buvo išplėstos. Į jo veiklą vis dažniau pradėjo kištis saugumo policijos valdininkai Simas Dolgačius ir Jokūbas Alekna. Būrį imta naudoti sovietinių aktyvistų ir žydų persekiojimui bei naikinimui.
1941 m. rugpjūčio 7 d. Kauno apskrities viršininkas parašė nurodymus visiems apskrities valsčių viršaičiams ir policijos nuovadų viršininkams dėl žydų apgyvendinimo getuose iki 1941 m. rugpjūčio 15 d.
Rugpjūčio pradžioje visi žydų tautybės vyrai savisaugos būrio kareivių buvo suvaryti į netoli Neries esančias kareivines. Čia ir turėjo būti įsteigtas žydų getas. Maždaug tuo pat metu suimti žydai už Jonavos (apie 1,5 km į šiaurės rytus) esančiame Girelkos (Giraitės) miškelyje iškasė keletą didelių duobių. Kareivinėse jie buvo saugomi kelias dienas. 1941 m. rugpjūčio 14 d. savisaugos būrys žydus surikiavo į koloną ir vedė į Giraitės miškelį. Suimtiesiems buvo pasakyta, jog jie vedami darbams. Į žudynių vietą iš Kauno atvyko ir keletas vokiečių gestapininkų bei kareivių būrys. Miškelyje grupė žydų, supratusių, kas jų laukia, bandė pabėgti. Dauguma bėgusiųjų buvo nušauti, tačiau 6 vyrams pavyko pabėgti. Vėliau 5 bėgliai buvo suimti ir sušaudyti; nacių okupacijos pabaigos sulaukė tik vienas bėglys – Nachumas Bliumbergas. Žydai buvo suvaryti į griovius ir vokiečių bei lietuvių savisaugininkų sušaudyti. Pagal K. Jägerio raportą, 1941 m. rugpjūčio 14 d. Jonavoje sušaudyti 552 žydai (497 vyrai ir 55 moterys). Tarp sušaudytųjų buvo daug partinių ir sovietinių aktyvistų.1941 m. rugpjūčio pabaigoje vietoj mėgstančio išgerti V. Kulvico Jonavos savisaugos būrio vadu buvo paskirtas j. ltn. Jonas Jurevičius. Po pirmojo masinio Jonavos žydų šaudymo likusios žydų šeimos dar porą savaičių gyveno savo butuose. Paskui savisaugos būrio kareiviai juos suvarė į kareivines („getą“). Didelę dalį daiktų žydai paliko savo butuose, dėl to prasidėjo masinis jų plėšimas. Kareivines nuolat saugojo apie 12 savisaugos būrio vyrų. Kareivinėse žydai buvo laikomi keletą dienų iki sušaudymo. Prieš sušaudymą žydams buvo paskirta kontribucija. Rugpjūčio 23–24 d. Jonavos žydai sumokėjo 120 tūkst. rb kontribuciją. Prieš pat sušaudymą Jonavos valsčiuje buvo 1257 žydai.
Antrosios masinės Jonavos žydų žudynės įvyko rugpjūčio ir rugsėjo mėn. sandūroje (tarp rugpjūčio 31 ir rugsėjo 2 d.). Žudynių dieną Jonavos saugumo policijos viršininko nurodymu j. ltn. J. Jurevičius paskyrė 16 savo būrio vyrų egzekucijai vykdyti. Žydai į žudynių vietą Giraitės miškelyje buvo varomi grupėmis. Prieš konvojavimą savisaugos būrio kareiviams davė išgerti degtinės. Žudynių vietoje buvo ir Jonavos saugumo policijos viršininkas bei savisaugos būrio vadas j. ltn. J. Jurevičius. Sušaudžius pirmąją pasmerktųjų grupę, į Giraitę iš Kauno atvyko TDA bataliono leitenantai B. Norkus ir Vladas Malinauskas. Jie kartu su gestapo viršininku toliau vadovavo žudynėms. J. Jurevičius sugrįžo į Jonavą ir vėliau žudynėse nedalyvavo. Šaudė ne tik Jonavos būrio nariai, bet ir civiliškai apsirengę kitų vietovių „partizanai“ bei keli vokiečiai. Iš pradžių buvo sušaudyti vyrai, paskui moterys su vaikais. Prieš sušaudymą aukos buvo išrengiamos iki apatinių drabužių. Sušaudžius vieną grupę, lavonai buvo užberiami smėliu ir kalkėmis, tada į griovį buvo atvedama kita grupė ir sušaudoma. Kraupių žudynių vaizdų negalėjo ištverti netgi kai kurie budeliai. Už „silpnadvasiškumą“ šaudymo metu Jonavos būrio narys L. Gineitis buvo uždarytas į vokiečių komendantūros daboklę.
Antrojo šaudymo metu Jonavoje buvo nužudyti 1556 žydai: 112 vyrų, 1200 moterų ir 244 vaikai. Jonavos gete liko tik apie 200 moterų ir vaikų.
Jonavos gyventojai buvo labai nepatenkinti žydų šaudymu. Apie tai tuometinis Jonavos valsčiaus policijos vadas Juozas Stankevičius informavo savo vadovybę Kaune. Tuomet Kauno miesto policijos vadas Kęstutis Renigeris pakvietė J. Stankevičių atvykti į Kauną. Šiam atvažiavus jie abu nuvyko pas vokiečių karo komendantą. Pastarasis paskambino į gestapą ir pasakė, kad likusieji Jonavos žydai bus išvežti į Kauno getą. Sugrįžęs į Jonavą J. Stankevičius sutarė su valsčiaus viršaičiu, kad paskirs vežikus žydams nugabenti į Kauną. 1941 m. spalio 4 d. Jonavos žydai buvo išvežti į Kauno getą. Už pagalbą žydams 1941 m. lapkričio mėn. vokiečiai J. Stankevičių suėmė ir iškėlė jam baudžiamąją bylą. Jis buvo nuteistas kalėti 2 metus. Iki 1942 m. rudens J. Stankevičius buvo kalinamas Kauno kalėjime. Žydus išgabenus į Kauno getą didelė Jonavos žydų bendruomenė nustojo egzistuoti.
Jonavos savisaugos būrys 1943 m. buvo prijungtas prie lietuvių 257-ojo policijos bataliono.
Nacių okupacijos pabaigoje (1944 m. vasarą) vokiečiai Giraitės miškelyje naikino savo nusikaltimų pėdsakus. Apie dvi savaites žudynių vietoje buvo atkasami ir deginami žydų lavonai. Deginimo vieta buvo apsupta kareivių, pašaliniams asmenims griežtai draudžiama prisiartinti.